След 1947 г., когато опозицията бе ликвидирана, безскрупулните властници преминаха към обезвредяване и на религията. Католическата църква бе една от главните цели на тяхната атака.
Репресиите всъщност бяха започнати планирано и настъпателно още с идването на съветските окупатори. Пръв падна отец Флавиан Манкин от село Секирово /Пловдивско/, безследно изчезнал в първите дни след нахлуването на агресора.
Следваха психологически атаки и заплахи. Католическите институции започнаха да затварят вратите си, а чуждестранното духовенство беше незабавно екстрадирано. Започна се масиран натиск над епископите, за да приемели новия, специално стъкмен, неканоничен устав на вероизповеданията в България. В края на 1948 г. папският представител у нас, монсеньор Галлони, де факто бе прогонен от страната. Започнаха арести на свещеници. Първи пострадаха току-що пристигналите от Рим след завършване на обучението си там, днешният отговорен секретар на в.”Абагар” архимандрит Гаврил Беловеждов и монсеньор Купен Михайлов, арестувани в средата на октомври 1947 г. После идва ред на отците капуцини в София, едни от най-тежко пострадалите през този период. През февруари 1950 г. бе арестуван Дамян Гюлев, основател и дългогодишен редактор на в. ”Истина”, който е разпитван месеци наред, а накрая получава тежката присъда 14 години затвор при строг каторжен режим. През м. май с.г. е арестуван Робърт Прустов, с 15-годишно лишаване от свобода, а през август 1952 г. и Фортунат Бакалски - последният редактор на в. ”Истина”, който не получи присъда, защото просто бе умъртвен по време на разпит.
Заедно с Бакалски бяха арестувани и всички останали подсъдими от първия голям католически процес, състоял се между 29 септември и 3 октомври 1952 г. Католическите свещеници, осъдени на този и на следващите два процеса до края на годината са общо 37, - повече от половината, живеещи тогава в България. Сред тях е и епископ Босилков.
Обвиненията срещу него не бяха от най-сериозните. В списъка на подсъдимите, подредени съобразно тежестта на “провинението” той се явява едва на седмо място, след отците Камен Вичев, Павел Джиджов, Петър Сарийски, Йосафат Шишков, Петър Лавренов и Никола Барбов. Но по време на разпитите и след това епископ Босилков спечелва благоразположението на следователи, прокурори и съдии. Има нещо излъчващо в него, което го прави по-силен и по-въздействащ от останалите. Можахме да разлистим степените на неговото разследване, като се започне от писмените му “признания” и се стигне до отговорите му пред следователя, а по-късно и до изказването му пред съда на 3 октомври 1952 г.
Останахме възхитени от логиката и праволинейността, от спокойствието и искреността, пропити в думите му, които звучат много правдоподобно и убедително. Става ясно, че това е човек, който няма за какво да се разкайва, нито има за какво да обвинява себе си и своите обвинители. Очевидно ролята му в съда е да понесе кръста на висш представител на католическата църква, която властта именно чрез него е решила да обругае и да накаже. Измежду другите, получили също като него тежки присъди, може би има и по-интелектуално проявени, и с по-голямо духовно лидерство / мислим в частност за отец Камен Вичев/, но тяхното осъждане е било повече заради личната им доблест, “опасна” за режима, а не както е при Босилков, заради църковно-йерархичното му положение.
След произнасянето на присъдите се създаде изкуствено затъмнение около съдбата на епископа. Дори най-близките му дълго време се държаха в неизвестност и не знаеха с положителност за кончината му. Представиха им двусмислени официални сведения, което цееше да ги заблуди и години наред да ги гложди съмнението, че той и другите може и живеят в плен на някакъв друг болшевишки ад. Сега вече е доказано, че краят им е дошъл 40 дни след обявяването на присъдата, която е била изпълнена в Централния софийски затвор, без да е известно точно къде са погребани екзекутираните в нощта на 11-12 октомври 1952 г. мъченици. Различните версии, че гробът им бил тук или там, засега остават само непроверени слухове.