наскоро се сблъсках с това чудо и се оказа, че съвсем не е толкова очевидно както си мислех, просто да цъкна
Код:
z-index
с едно нагоре за div-a.

единственото решение, което открих е да се вкара аплет-а в iframe, което обаче води след себе си доста усложнения и проблеми с браузери със затегнати security настройки.

някой да има по-добра идея?

П.С. за флаш, се прави с wmode=transperent, това кара флаш-а да рендерира на 0 левъл по z(работи само под прозорци, май )