Мисля, че е нормално да не излизат.
Какво правя аз?
1. Оглеждам се, дали няма готови .srt субтитри (мързела е положително качество).
2. Ако няма, или са разсинхронизирани.
Свалям MKVToolnix, във папката слагам и интерфейса MKVExtractGUI-2. Стартирам MKVExtractGUI2.exe избирам въпросното .mkv и от него избирам само нужните ми субтитри, давам extract и след кратко имам готови субтитри.